Chaque Communauté de Communes procéde à l'élection de ses délégués au SEMOCTOM de la manière suivante : 1 délégué par tranche même non complète de 2000 habitants. Seules les populations des communes desservies par le SEMOCTOM sont prises en compte. Depuis 2020, le SEMOCTOM est constitué de 57 délégués.
Les réunions sont publiques mais les auditeurs ne peuvent prendre la parole que si le Président les y autorise.Sur décision de 3 membres ou du Président, le Comité Syndical peut décider, à la majorité absolue
des membres présents ou représentés qu'il se réunit à huit clos.
Toute personne physique ou morale à le droit de demander une copie totale ou partielle des procès-verbaux du comité syndical après leur approbation, des budgets et des comptes du SEMOCTOM après leur vote. Une participation financière de 2 centimes d'euros par feuille (tarif actualisable) sera demandée. Les frais d'envoi sont à la charge du demandeur.
Le Bureau est composé de 24 membres : Président, Vices-Présidents et élus. C'est le Président du Comité Syndical l'anime.
Le bureau dresse procès verbal de ses réunions et rend compte de son action au Comité Syndical.
La présidence de chaque commission est confiée à un Vice Président ou à un membre du bureau. Le Président du SEMOCTOM est membre de droit de toutes les commissions.
Elles sont composées de manière à permettre une représentation équilibrée de toutes les communautés de communes du territoire du SEMOCTOM. Un découpage territorial a été fait et apparait sous la notion de "zones de communes regroupées". Les commissions sont toutes constituées à partir du Comité Syndical.
Les commissions se réunissent autant de fois que nécessaire en accord avec le Président.
L'ordre du jour est établi par le Président de la Commission en accord avec le Président du SEMOCTOM.
La Comission Hygiène et Sécurité des Condition de Travail (CHSCT) : elle est paritaire comme le CT, elle analyse les accidents de travail et valide les stratégies de sécurisation des missions des agents du SEMOCTOM. Elle a un rôle important notamment sur les questions liées à l'hygiène et à la sécurité des personnels.
La commission des finances est composée d' un délégué par communauté de communes et d'un délégué par zone de communes regroupées. Son rôle est d'apporter des axes de reflexions sur l'organisation des finances du Syndicat ( orientations budgétaires, emprunts..)